1. Fabricar polímeros biodegradables o bioplásticos, como los PHA PoliHidroxiAlcanoatos.
2. Degradar hidrocarburos para eliminación de mareas negras y otros vertidos de petróleo: El petróleo es una fuente de carbono, es un nutriente. Lo que para los animales es tóxico, para las bacterias es una fuente de nutrientes. Éstas tienen una capacidad metabólica enorme, mucho mayor que la nuestra; esa es la clave de la Biorremediación.
3. Producir biocombustibles: científicos ingleses han creado una cepa de E. coli capaz de producir biodiesel. Aun no es competitivo frente al gasoil o al biodiesel procedente de aceites vegetales.
4. Producir vitaminas. Para producir vitamina C (ácido L-ascórbico) se ha modificado una bacteria con el gen de otra especie bacteriana, de modo que la mayor parte de esta vitamina producida en el mundo tiene un origen transgénico: Producción transgénica de ácido ascórbico.
5. Eliminación de metales pesados, en otro ejemplo de biorremediación:
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