Se observa en el registro fósil un aumento progresivo de la complejidad de los organismos, así como un aumento de la biodiversidad, interrumpido por 5 extinciones masivas (la última fue hace 65 Ma, en la que se extinguieron los dinosaurios no alados, hoy estamos en la 6ª gran extinción por la acción humana).
1.1. FORMAS INTERMEDIAS. Ej.1. Archaeopteryx 
Forma intermedia, de 150 Ma, entre los dinosaurios y las aves, descubierta en 1861 en las calizas litográficas de Solnhofen (Baviera), apoyando la teoría de Darwin, publicada dos años antes.
Ej.2. Australopithecus, forma intermedia entre los primates no humanos como los ardipitecos y los humanos:
Forma intermedia, de 150 Ma, entre los dinosaurios y las aves, descubierta en 1861 en las calizas litográficas de Solnhofen (Baviera), apoyando la teoría de Darwin, publicada dos años antes.Ej.2. Australopithecus, forma intermedia entre los primates no humanos como los ardipitecos y los humanos:
Cráneo de A. afarensis. Este género, que vivió entre 4 y 2 Ma en África, fue establecido en 1925(Darwin publicó El Origen del Hombre en 1871). Este era el "eslabón perdido" que pedían los anti-evolucionistas y que Dart encontró.Hoy día se han encontrado muchos eslabones entre los simios de hace 7 Ma y nosotros:
Ej. Los équidos:
Otro ejemplo sería el mostrado anteriormente de los homínidos, pero realmente el concepto de serie filogenética como algo lineal y progresivo ha sido superado por los árboles filogenéticos, donde ramas separadas pueden incluso volver a encontrarse como pasó entre los sapiens que al salir de África se encontraron con los denisovanos en Asia y con los neandertales en Europa y Asia, de modo que actualmente los europeos llevamos como un 2% de ADN neandertal. También los habitantes de las islas de Andaman (India) y los aetas de las islas Filipinas llevan algo de ADN de alguna especie pre-sapiens.
2. PRUEBAS BIOGEOGRÁFICAS
Estas pruebas se basan en que cuanto más alejadas y separadas están dos zonas, más diferentes son su flora y su fauna, como pasa con la fauna australiana, que debido a la tectónica de placas, se separó antes del Pangea que los demás continentes (hace unos 200 Ma), quedando aislada desde entonces. Razón por la cual solo encontramos mamíferos monotremas en Australia (el ornitorrinco) y Nueva Zelanda (el equidna) y casi todas las especies marsupiales (canguros, koalas, etc.) en Australia. Los mamíferos placentarios surgieron después del aislamiento geológico de Australia, por lo que no forman parte de la fauna autóctona australiana.
Pinzones de Darwin, adaptados a las diferentes islas Galápagos y a diferentes tipos de alimentación. Pertenecen a una familia de pájaros americanos (Traúpidos, con 236 especies, de las que 14 viven en las Galápagos).
Los pinzones de Darwin muestran la evolución en directo (ABC, 2016)
3. PRUEBAS EMBRIOLÓGICAS
Las hendiduras branquiales se siguen observando en los primeros estados embrionarios de todos los vertebrados. Haeckel, biólogo alemán que defendió la teoría de Darwin, estableció su Ley Biogenética: "La ontogenia recapitula la filogenia" (el desarrollo de un individuo recapitula las fases del desarrollo evolutivo de la especie). Aunque no es totalmente cierto, sí lo es que grupos emparentados comparten formas embrionarias o larvarias muy parecidas, como ocurre con la larva trocófora de Anélidos y Moluscos, mostrando un origen común:
4. PRUEBAS ANATÓMICAS
4.1. ÓRGANOS HOMÓLOGOS. Tienen diferente forma externa pero la misma estructura interna , como ocurre con las extremidades de los vertebrados tetrápodos:
Son consecuencia de una divergencia o radiación adaptativa: las diferentes familias de una misma clase (por ejemplo, los mamíferos) han divergido por adaptación a diferentes ambientes :
Todos los mamíferos proceden de mamíferos mesozoicos parecidos a las musarañas, por adaptación a los diferentes ambientes que quedaron libres tras la extinción de los dinosaurios (65 Ma).
4.2. ÓRGANOS ANÁLOGOS
Tienen una forma externa parecida pero estructura interna totalmente diferente.
Son resultado de una convergencia adaptativa, que aunque no permite establecer relaciones de parentesco evolutivo, sí muestran que las especies adoptan soluciones parecidas para adaptarse al mismo ambiente.
4.3. ÓRGANOS VESTIGIALES
En el ser humano, el apéndice vermiforme podría tratarse de un órgano vestigial o atavismo de cuando nuestros antepasados eran más herbívoros (esta interpretación es controvertida, pues actualmente se tiende a pensar que no es un órgano vestigial, sino que tiene una función inmunológica). También la muela del juicio o 3º molar es un vestigio de cuando nuestros antepasados homínidos tenían mandíbulas mayores, con suficiente espacio para este 3º molar, que ayudaba en la masticación de una dieta más herbívora. Actualmente, la mandíbula menor hace que frecuentemente no haya espacio suficiente para un correcto desarrollo de esta muela y haya que extirparla. Por último, el pelo corporal es otro vestigio de nuestros antepasados.
5. PRUEBAS BIOQUÍMICAS
La comparación de las secuencias de aa de las proteínas o de nucleótidos del ADN de especies emparentadas, permite calibrar un reloj molecular:
Además de establecer relaciones de parentesco, las pruebas bioquímicas, como que todos los seres vivos comparten los mismos tipos de moléculas, que tienen prácticamente el mismo código genético, y que sus rutas metabólicas son casi idénticas, han puesto de manifiesto, sin lugar a dudas, que todos los seres vivos proceden de un antepasado común: LUCA.
LUCA: Last Universal Common Ancestor.
Los pinzones de Darwin muestran la evolución en directo (ABC, 2016)
3. PRUEBAS EMBRIOLÓGICAS
Las hendiduras branquiales se siguen observando en los primeros estados embrionarios de todos los vertebrados. Haeckel, biólogo alemán que defendió la teoría de Darwin, estableció su Ley Biogenética: "La ontogenia recapitula la filogenia" (el desarrollo de un individuo recapitula las fases del desarrollo evolutivo de la especie). Aunque no es totalmente cierto, sí lo es que grupos emparentados comparten formas embrionarias o larvarias muy parecidas, como ocurre con la larva trocófora de Anélidos y Moluscos, mostrando un origen común:
4. PRUEBAS ANATÓMICAS
4.1. ÓRGANOS HOMÓLOGOS. Tienen diferente forma externa pero la misma estructura interna , como ocurre con las extremidades de los vertebrados tetrápodos:
Son consecuencia de una divergencia o radiación adaptativa: las diferentes familias de una misma clase (por ejemplo, los mamíferos) han divergido por adaptación a diferentes ambientes :
Todos los mamíferos proceden de mamíferos mesozoicos parecidos a las musarañas, por adaptación a los diferentes ambientes que quedaron libres tras la extinción de los dinosaurios (65 Ma).
4.2. ÓRGANOS ANÁLOGOS
Tienen una forma externa parecida pero estructura interna totalmente diferente.
Son resultado de una convergencia adaptativa, que aunque no permite establecer relaciones de parentesco evolutivo, sí muestran que las especies adoptan soluciones parecidas para adaptarse al mismo ambiente.
4.3. ÓRGANOS VESTIGIALES
En el ser humano, el apéndice vermiforme podría tratarse de un órgano vestigial o atavismo de cuando nuestros antepasados eran más herbívoros (esta interpretación es controvertida, pues actualmente se tiende a pensar que no es un órgano vestigial, sino que tiene una función inmunológica). También la muela del juicio o 3º molar es un vestigio de cuando nuestros antepasados homínidos tenían mandíbulas mayores, con suficiente espacio para este 3º molar, que ayudaba en la masticación de una dieta más herbívora. Actualmente, la mandíbula menor hace que frecuentemente no haya espacio suficiente para un correcto desarrollo de esta muela y haya que extirparla. Por último, el pelo corporal es otro vestigio de nuestros antepasados.
Homo erectus 5. PRUEBAS BIOQUÍMICAS
La comparación de las secuencias de aa de las proteínas o de nucleótidos del ADN de especies emparentadas, permite calibrar un reloj molecular:
Además de establecer relaciones de parentesco, las pruebas bioquímicas, como que todos los seres vivos comparten los mismos tipos de moléculas, que tienen prácticamente el mismo código genético, y que sus rutas metabólicas son casi idénticas, han puesto de manifiesto, sin lugar a dudas, que todos los seres vivos proceden de un antepasado común: LUCA.
LUCA: Last Universal Common Ancestor. Resumiendo, un par de pruebas de cada tipo:
1. Paleontológicas: formas intermedias ("eslabones perdidos y encontrados") como el Archaeopteryx y series filogenéticas, como la del caballo.
2. Biogeográficas: fauna de mamíferos australiana y pinzones de Darwin.
3. Embriológicas: embriones de vertebrados y larvas de invertebrados.
4. Anatómicas: órganos homólogos vs análogos y órganos vestigiales.
5. Bioquímicas: secuencias de ADN y de proteínas (más parecidas cuanto más emparentadas evolutivamente están dos especies) y código genético (cuasi)universal.
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